Seit seiner Jugendzeit ist Stephan Klarer von den mystischen Klängen des Gregorianischen Chorals beeindruckt. Schon früh sang er die liturgischen Gesänge in verschiedenen Chören, bis er mit 16 Jahren die Leitung einer eigenen Choralschola übernahm. Seine Ausbildung erhielt er beim Einsiedler Choralmagister  P. Roman Bannwart, in dessen „Schola Romana" er auch mitsang. Von 1999 bis 2014 leitete Stephan Klarer die Choralschola Zürich. Zusammen mit diesem hoch qualifizierten Ensemble ist er in vielen Gottesdiensten und Konzerten aufgetreten. Seit 2013 ist Stephan Klarer Dozent für Gregorianik an der ZHdK und Leiter der 2015 neu gegründeten Choralschola ZHdK .